Post by werewolfe on Aug 2, 2023 0:29:17 GMT -5
段中修剪出5'、3'-adapter，并用cutadapt将丢弃的读段（长度<14nt或长度>40nt）记录为修剪后的读段37FASTA 格式。通过 Illumina 质量控制的修剪读数进行比对，以仅允许与成熟 tRNA 序列存在一处错配，然后使用领结软件对未作图的读数进行比对，以仅允许与前体 tRNA 序列存在一处错配。38 根据映射读数的计数计算 tsRNA 和 miRNA 的表达谱；这些计数被标准化为每百万总对齐
读取 (CPM) 的计数。如果所有样本中的 CPM 均小于 20，则亚洲手机号码列表过滤 tsRNA。根据R包edgeR的计数值筛选差异表达的tsRNA。36R 语言用于根据表达的 tsRNA 计算统计数据，生成维恩图、散点图和热图。其中，维恩图是基表达的tsRNA的数量。该图显示了所有实验组中表达的tsRNA的数量，并指示了差异表达的tsRNA的数量。常见表达的 tsRNA
代表所有实验组中大于 20 的 CPM 值。差异表达的tsRNA代表一组中大于20而另一组中小于20的CPM值。类似地，对于其他图，例如，样本中CPM或组中平均CPM不小于20的tRF-1的数量，可以根据序列或tRNA同译码器的长度来计算。维恩图是用 R VennDiagram 包绘制的。热图是根据差异表达的 tsRNA 使用 R pheatmap 包生成的。 tsRNA的人工合成及体内注射 修